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A través de la docencia se pretende extender el conocimiento sobre temas relacionados con los derechos humanos y la acción humanitaria, así como formar agentes capaces de intervenir a favor de los mismos con profesionalidad y competencias técnicas.
El Instituto, siguiendo su vocación internacional imparte el Máster en Acción Internacional Humanitaria NOHA y el Máster Europeo en Derechos Humanos y Democratización .
Además, desde el año 2000, se imparte el Programa de Formación a Líderes Indígenas , el cual se centra tanto en aspectos básicos de derechos humanos como en aspectos de derechos indígenas.
Por otro lado, el Instituto desarrolla una serie de cursos de extensión universitaria. Así por ejemplo, con carácter anual, se lleva a cabo un Curso de Derechos Humanos en Donostia-San Sebastián. Igualmente se vienen realizando cursos específicos en Derechos Humanos como los impartidos en la Academia de Policía del País Vasco (Arkaute).
Diversos miembros del Instituto imparten cursos de doctorado sobre cuestiones relativas a los derechos humanos en el marco del programa europeo de Doctorado en Migraciones y conflictos en la sociedad global, organizado por la sección de Antropología de la propia Universidad de Deusto, así como en programas de doctorado de otras universidades del Estado.
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